Els Aiguamolls de l'Empordà constitueixen el conjunt marjalenc més important de Catalunya, després del Delta de l'Ebre. L'actual zona protegida es la resta d'una extensa àrea que antigament ocupava tota la badia de Roses, on s’hi ha creat el parc natural dels Aiguamolls de l'Empordà.

Aquest conjunt de maresmes han estat generades pel curs final de la Muga i del Fluvià (Alt Empordà) i del Ter i del Daró (Baix Empordà). Els aiguamolls ocupaven antigament tot el Pla de la badia de Roses i el baix Ter, però va anar desapareixent per l’expansió de l’agricultura i la ramaderia amb canals de dessecació, canalització de la Muga i construcció dels embassaments de Boadella, Saus, Susqueda i el Pasteral. Sis llacunes petites i la gran llacuna de Castelló van desapareixer. Actualment comprèn 4824 ha formades per dunes, llacunes salabroses i dolces, prats inundables i zones de conreu.